Guten Tag,
Sie dürfen weder mit einer Ordnerauswahl noch mit "Ausnahmen" arbeiten.

Nur die Positiv-Maske *.adi ist nötig.

> Es werden hier trotzdem alle Dateien markiert nicht nur die *.adi

Das stimmt nicht. Es werden nur noch ein paar überflüssige Ordner angezeigt.
Aber nur *.adi-Dateien. Keine anderen Dateien.

Die überflüssigen Ordner sind aufgrund der Maske *.adi für Syncovery leer.
Also müssen Sie nur unter "Ordner" den Haken "leere Ordner erstellen" entfernen.